CR1 olarak adlandırılan TCDD banliyö hatlarının 3 yola çıkartılması ve rehabilite edilmesi inşaatı için TCDD tarafından, DLH Marmaray Bölge Müdürlüğüne yapılan bedelsiz arazi ve yetki devirlerinin yürütmesinin durdurulması istemiyle 27.09.2007 tarihinde açılan davada;Mahkeme 511 gün sonra "yürütmeyi durdurma talebi red" kararı ile birlikte davalı idare TCDD’nin ilk savunmasını da davacıya gönderildi.

Haydarpaşa Gebze ve İstanbul Ankara arasında 29 istasyon yıkılacağı 6 istasyon kullanım dışı kalacağı Marmaray CR1 inşaatını üstelenen AVRASYA ortak girişimi tarafından yazılı olarak açıklanmıştı. 29 Mart 2009 Yerel seçimlerinden sayısal olarak güç yitirse de siyasal olarak güç kazanarak çıkan iktidar STK’ nın ve Bilim adamlarının tepkilerini ve uyarılarına kulak tıkayarak, yargı sürecini beklemeye bile gerek görmeden daha da önemlisi koruma kurullarından izin çıkmadan Marmaray CR1 inşaatı için düğmeye bastı.

CR1 olarak adlandırılan TCDD banliyö hatlarının 3 yola çıkartılması ve rehabilite edilmesi inşaatı için TCDD tarafından, DLH Marmaray Bölge Müdürlüğüne yapılan bedelsiz arazi ve yetki devirlerinin yürütmesinin durdurulması istemiyle 27.09.2007 tarihinde açılan davada yürütmeyi durdurma talebi 511 gün sonra red edildi.

Haydarpaşa Gebze arası demiryolu hattının "Endüstriyel Miras" ilan edilerek bu hat üzerinde Marmaray CR1 projesi kapsamında yapılacak üçlenme inşaatına izin verilmemesi hakkındaki STK’nın 25.09.2008 tarihli başvurusunu değerlendiren İstanbul V Nolu Koruma Kurulu 14.01.2009 tarihinde 1626 sayı ile almış olduğu kararda "kurulun görev alanı içinde kalan Kadıköy, Maltepe, Kartal, Pendik ve Tuzla ilçelerini içine alan banliyö hattının yerinde incelenmesine" karar vermiştir.

4736 sayılı kanundaki “TCDD mal ve hizmet bedellerinde işletmecilik indirimi hariç olmak üzere, hiçbir kimse ya da kuruma bedelsiz devir yapamaz” hükmü yok sayılarak TCDD taşınmazlarından toplam 73700 m2 arazi Marmaray CR1 inşaatında AMD konsorsiyumunun kullanımı için DLH tarafından TCDD’den talep edilmiştir.

Haydarpaşa Dayanışması bileşenlerinden Mimarlar Odası İstanbul Büyükkent Şubesi ve BTS İstanbul 1 Nolu Şubesinin İstanbul’daki  tren hatlarının Endüstriyel Demiryolu Mirası olarak koruma altına alınması talebini değerlendiren Kocaeli Kültür ve Tabiat Varlıkları Koruma Bölge Kurulu Müdürlüğü 07.01.2009 tarih 739 sayılı kararı ile "Gebze Tuzla arası demiryolu hattı üzerinde bulunan yapıların tescilli olduğuna, demiryolu hattının ise tescil edilmesine gerek olmadığına" karar vermiştir.

Yıldız Teknik Üniversitesi Ulaştırma Ana Bilim Dalı Başkanı Yrd. Doç Dr. İsmail Şahin’in, Ulaştırma Sempozyumuna sunduğu bildirisinde yer verdiği Marmaray Projesini değerlendirirken Haydarpaşa ve Sirkeci garlarının proje dışı bırakılmasının doğru bir yaklaşım olmadığını, E-5 de toprak altında devam eden Anadoluray’ın yolcu talebine etkisi nedeni ile de üçleme projesine gerek olmadığını dile getirmiştir.

Marmara Projesi kapsamında TCDD’nin tarihi endüstriyel demiryolu mirası banliyö hatlarının yok edilmek istenmesinin yanında, Yedikule’de halkın evlerinden, TCDD personelinin ise kamu konutlarından yasal olmayan yollardan tahliyeye zorlanması, projeyi bir an önce hayata geçirmek için arkeolojik kazı alanına kepçe sokulması ve buna direnen arkeologların işten atılmasının ardından, Türkiye Gazeteciler Cemiyeti yayın organı Bizim Gazete’nin de proje kapsamında Babıâli’den kovalanmaya çalışıldığını öğrenmiş bulunuyoruz.