İstanbul VII Nolu Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Kurulu 15.09.2009 tarih 108-1 sayılı kararında; İstanbul İli Bakırköy ve Küçükçekmece İlçeleri 61 ada, 1 parsel, 72 ada, 2 parsel 712 ada 7 ve 8 parsel ile Küçükçekmece İlçesi 4602 parselde yer alan Bakırköy Halkalı arasında kalan demiryolu hattındaki yapıların tescilli olması nedeni ile hattın ayrıca kentsel ve tarihi sit alanı olarak tesciline gerek olmadığına karar vermiştir.

Marmaray Projesi’nin arkeolojik kazı işlerinde çalışan işçiler, Polatlar Arkeoloji şirketinin patronlarını yola getirdi. 26 Ağustos’ta direnişe çıkan işçiler, Tekstil Sen yöneticilerinin müdahalesiyle ücretlerini aldı, dün iş başı yaptı.Aylardır maaşlarını alamayan taşeron işçiler, "İş bıraktığımızda paramızı alabiliyoruz" dedi, eylemle kazandı.

Marmaray ve Anadoluray’ın buluşma noktası olan Kadıköy İbrahimağa Transfer Merkezinin bulunduğu alanda yapılan kamulaştırmada hak sahibi olan şahışların 58–59 pafta, 1421 ada, 2, 3 ve 4 no.lu parsellerdeki taşınmazları için plan tadilatı yapılarak yapılaşma emsallerinin yükseltilmesi ve haksız rant yaratılması girişimi yargıya taşınmıştı. Yargı verdiği kararla Kadıköy İbrahimağa Transfer Merkezi ile ilgili 1/1000 ve 1/5000 ölçekli imar planlarını iptal etti.

İstanbul VII Nolu Koruma Kurulunun 18.08.2009 tarihinde yaptığı toplantıda; Haydarpaşa-Gebze ve Sirkeci-Halkalı arası demiryolu hatlarının Endüstriyel Demiryolu Mirası kapsamında koruma altına alınması için BTS, Mimarlar Odası ve ICOMOS’ un 30.07.2007 tarihli talebi, kentvedemiryolu yürütmesinin 08.06.2009 tarihli başvurusu ve uzman raporları görüşülmüştür.

Marmaray Projesi’nin Yenikapı-Sirkeci istasyonlarındaki ray döşeme işinde çalışan yaklaşık 150 işçi, son üç aydır maaş alamadıkları gerekçesiyle iş bıraktılar. Marmaray asrın projesi olarak tanımlansa da "Hak edişli İşler" hep böyle yürür. Uzak geçmişte Ayaş Tüneli* inşaatında yakın zamanda ise TOKİ Aslantepe Stadyum inşaatında da çalışanların ücretleri ödenmemişti.

Kocaeli Kültür ve Tabiat Varlıkları Koruma Kurulu Haydarpaşa-Gebze ve Sirkeci-Halkalı arası demiryolu hatlarının bir bütünlük içinde Endüstriyel Demiryolu Mirası kapsamında koruma altına alınması hakkındaki talebimizi değerlendirdi. Kurul 04.08.2009 tarih 996 sayılı kararında "07.01.2009 tarih 739 sayılı kararının geçerli olduğuna" oy çokluğu (5–4) karar verdi.

Gebze ile İstanbul arasında yapımı süren Marmaray Projesi kapsamında Gebze’de çıkışındaki TCDD’ye ait alanda binlerce ağacın kesilmesine başlanılmıştı. Kocaeli Kültür Ve tabiat Varlıkları Bölge Kurulu "benden izin alınmadan SİT alanında ağaç kesimi yapamazsınız" dedi ve 14.07.2009 tarih 852 sayılı yazısı ile kesimi şimdilik durdurdu. 

Marmaray CR1 sözleşmesinin açılan ve devam eden davalar nedeni ile mahkemelere sunulmasının ardından sözleşme içeriğinde yapılan incelemelerde bu güne kadar iddia şeklinde sürdürülen eleştirilerin de ne kadar haklı olduğu ortaya çıktı. Marmaray işletmesinde TCDD’nin adı yok. Tüpe TCDD trenleri sığmıyor. Sığsa da güvenlik zafiyeti var. YHT(yüksek Hızlı Tren) Gebze Halkalı arasında  kısaltılmış adı yine YHT ama açılımı Yavaş Hızlı Tren (azami 100 km/s) Japon yapar, Japon Kontrol eder, Türk Bakar.