Yüksek Hızlı Tren Projesi için kapatılan Gebze Köseköy hattının devamı olan Gebze Pendik arası mevcut demiryolunun Marmaray CR3 sözleşmesi gereği Gebze Pendik arası demiryolunun 17 Aralık 2012 tarihinde kapatılacak olması planlanmasına rağmen iktidarın 2013 yılı içinde Yüksek Hızlı Treni İstanbul’a getirme arzusu nedeniyle öne çekilmiş olup,Gebze Pendik arası banliyö hattının kapanma tarihi 29.04.2012 Pazar günü olarak belirlenmiştir.

Sirkeci Gar civarında yapılan Marmaray projesi tünel kazılarının Topkapı sarayı müştemilatının duvarlarında çatlamalara neden olması üzerine BTS İstanbul 1 Nolu Şubesi 08.11.2010 tarih 44 sayılı yazı ile İstanbul 4 Numaralı KTVKK Bölge Müdürlüğüne başvuruda bulunarak “Marmaray tünel kazma çalışmalarının durdurulmasını, İTÜ Mimarlık Anabilim Dalı Başkanlığından bu konuda bir görüş ve rapor alındıktan sonra bir karar verilmesi” talep etmişti. Koruma Kurulundan bir yıl sonra yanıt geldi.

Demiryollar Limanlar ve Hava Meydanları İşletmesi Genel Müdürlüğü tarafından TCDD Genel Müdürlüğüne gönderilen bila tarih ve sayılı yazıda Marmaray Projesi “Gebze Halkalı Banliyö hatlarının iyileştirilmesi ve mekanik sistemleri” işi CR3 sözleşmesinin 26 Ekim 2011 tarihinde Obrascon Huarte Lain (OHL) SA- Dimetronic SA Ortak Girişimi ile imzalandığı, CR3 sözleşme hükmüne göre ortak girişime yer teslimi ve İşe başlama tarihinin 3 Kasım 2011 olduğu bildirilmiştir. Her şey yolunda giderse hatların açılış tarihi iş programında 18 Haziran 2015 olarak ilan edilmiştir.

Demiryollar Limanlar ve Hava Meydanları İnşaatı Genel Müdürlüğü Marmaray Projesi kapsamında Gebze Haydarpaşa ve Kazlıçeşme Halkalı arası demiryolu hatlarının kapanma tarihlerini tam olarak açıklamamakla birlikte kapanma sürecinde uygulanacak takvimi TCDD Genel Müdürlüğüne bildirdi. İhaleyi kazanacak yeni ortak girişimin  sözleşmesel olarak işe başlama tarihinden 411 gün sonra ilk olarak Gebze Pendik arası demiryolu hatları tren trafiğine kapatılacak. 

Marmaray Projesi inşaatı için TCDD’nin Gebze, Pendik, Maltepe Söğütlüçeşme, Haydarpaşa ve Halkalı ile Yedikule yol atölyesinde bulunan bir kısım arazilerinin 4736 sayılı kanuna aykırı olarak bedelsiz olarak DLH Genel Müdürlüğüne kullanım için yetki devri yapılmasına ilişkin TCDD ile DLH arasında imzalanmış bulunan 07.05.2007 tarihli protokolün iptali için açılan davada Ankara 2. İdare Mahkemesi TCDD ve Ulaştırma Bakanlığı lehine karar verdi. 

TCDD ile İBB arasında 5335 sayılı yasanın 32. Maddesine dayanılarak imzalanan protokol sonucunda İBB tarafından “1/5000 ölçekli Haydarpaşa Gar, Liman Geri Sahası ile Kadıköy Meydanı ve Çevresi Koruma Amaçlı Nazım İmar Planı” hazırlanarak koruma kuruluna gönderilmişti. Anayasa Mahkemesinin 13.1.2011 tarih E: 2008/13 K: 2011/14 sayılı karar ile 5335 sayılı yasanın 32. maddesinin 1. Fıkrasını iptal etmesinin ardından BTS İstanbul 1 Nolu Şube yasal dayanağı kalmayan Haydarpaşa koruma amaçlı planın onanmaması için Koruma Kuruluna yazılı başvuru yaptı.

Kültür ve Turizm Bakanı Ertuğrul Günay’a, Marmaray Projesi’ni soran CHP İstanbul Milletvekili Çetin Soysal, “26 Şubat 2011 tarihinde, tüp tünellerin Sarayburnu bağlantısını açılış töreninde Başbakan Erdoğan’ın törende yaptığı konuşma ile yanlış bir mesaj verdiğini düşünüyor musunuz” diye sordu.

Marmaray Projesi- CR3 Sözleşmesi Gebze-Halkalı Banliyö Hatlarının İyileştirilmesi İnşaat, Elektrik ve Mekanik Sistemler ihalesinde 28 Şubat 2011 tarihinde teklifler alındığı. İhalede beş ayrı ortak girişimin teklif verdiği Ulaştırma Bakanlığının web sayfasında 03.03.2011 tarihinde ilan edilmiştir. Yüzeysel demiryolu yapım işini “ortak girişimlere” havale eden TCDD’nin Eylül 1966 yılında İstanbul Belediyesine İstanbul Metrosunu inşa etmek için başvurduğunu hatta kredi sağlama  taahhüdünde bulunduğunu biliyormuydunuz?