Marmaray projesi gerekçe gösterilerek kentsel dönüşüm projeleri hayata geçirilmek istenen Haydarpaşa ve Sirkeci Garlarının CR1 sözleşmesinin yüklenici firma tarafından fesih edilmesi üzerine DLH İnşaatı Genel Müdürlüğünün CR3 adı ile çıkacağı uluslararası yeni ihale öncesinde TCDD Haydarpaşa ve Sirkeci garlarına Marmaray projesine entegre etmek için girişimde bulunmak üzere ön hazırlıklara başladı.

Haydarpaşa-Gebze ve Sirkeci-Halkalı arası demiryolu hatlarının Endüstriyel Demiryolu Mirası kapsamında koruma altına alınması için BTS, Mimarlar Odası ve ICOMOS tarafından 30.07.2007 tarihinde Koruma Kurullarına başvuru yapılmıştı. Haydarpaşa Tuzla arası demiryolu hattı ve tesislerini değerlendiren İstanbul V Nolu Kültür varlıklarını Koruma Kurulu 05.07.2010 tarih 2655 sayılı kararı ile Haydarpaşa Tuzla arasındaki birçok demiryolu yapısını (üst geçit köprü) ve parseli tarihi eser ve sit alanı olarak tescilledi.

Hükümetin övüne övüne bitiremediği Marmaray Projesinin kara ayağı olan CR1 inşaat etabı başlamadan şimdilik sona erdi.TCDD'ye ait demiryolu hattı üzerinde 2 yolun 3 yola çıkartılarak, dolaylı olarak özel bir kuruma devrini öngören CR1 etabında, yüklenici firma olan AMD (Alstrom-Marubeni-Doğuş) Konsorsiyumu, sözleşmeyi "mevcut sözleşme şartlarında projeye devam edemeyecekleri" gerekçesiyle fesh etti.

2007 yılından bu yana Deniz Polat İnşaat bünyesinde Marmaray Projesi'nin Yenikapı'daki arkeolojik kazılarında görevli yaklaşık 200 işçi, üç yıl gecikmeli gelen 2010 zammının "bir lira" olmasına isyan ediyorlar. 46 gün önce direnişe başlayıp iş bırakan işçilerin tek derdi zam artışı olmayıp tekrar işe alınmamaları ve ödenmeyen sigorta primleri. Eylemlerini bugün 03.03.2010 tarihinde İstanbul DLH Marmaray Bölge Müdürlüğü önünde saat 12.30 da yaptıkları basın açıklaması ile sürdürdüler.

TCDD Mülkiyetindeki Gebze, Pendik, Maltepe, Söğütlüçeşme, Haydarpaşa ve Halkalı İstasyonları ile Yedikule Yol Atölyesindeki bir kısım taşınmazların Marmaray Projesi kapsamında 4736 sayılı kanuna aykırı olarak DLH İnşaatı Genel Müdürlüğüne bedelsiz devrine ilişkin idari işlemin iptali ve yürütmenin durdurulması istemiyle 27.09.2007 tarihinde açılan dava sürecinde ilginç gelişmeler yaşanmaktadır. Davanın ara kararı Ankara yerine Antalya'ya tebliğe gitmiştir.

TMMOB Şehir Plancıları Odası İstanbul Şubesince düzenlenen "Haydarpaşa İçin Sen De Bir Söz Söyle" başlıklı etkinlik 12 Ocak 2010 tarihinde İTÜ Taşkışla'da gerçekleştirildi. Haydarpaşa Gar ve çevresini, korumaya, planlamaya ilişkin sunumlar ve tartışmaların gerçekleştiği oturumların yer aldığı etkinlikte, İBB tarafından hazırlanıp İBB Meclisinden oy çokluğu ile geçerek Belediye Başkanı Topbaş'ın onayını bekleyen Haydarpaşa Koruma Amaçlı Nâzım İmar Planı çevresinde yoğunlaştı.

Yerel seçimler öncesi İstanbul kent içi ulaşımda seçmene sorun yaşatmak istenmiyordu. Bu nedenle Marmaray "CR1 Sözleşmesi kapsamında Halkalı–Gebze arası demiryolu hattının kapatılma tarihi (08 Aralık 2008) geçicici süre uzatımı verilerek 15.06.2009 tarihine ertelenmişti." Ancak yerel seçimlerin ve ilan edilen tarihin üzerinden uzunca bir süre geçmesine rağmen hatların hala kapatılmaması TCDD'nin DLH' ye aynı soruyu yöneltmesi sonucunu doğurdu.

İstanbul VII Nolu Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Kurulu 15.09.2009 tarih 108-1 sayılı kararında; İstanbul İli Bakırköy ve Küçükçekmece İlçeleri 61 ada, 1 parsel, 72 ada, 2 parsel 712 ada 7 ve 8 parsel ile Küçükçekmece İlçesi 4602 parselde yer alan Bakırköy Halkalı arasında kalan demiryolu hattındaki yapıların tescilli olması nedeni ile hattın ayrıca kentsel ve tarihi sit alanı olarak tesciline gerek olmadığına karar vermiştir.

Marmaray Projesi'nin arkeolojik kazı işlerinde çalışan işçiler, Polatlar Arkeoloji şirketinin patronlarını yola getirdi. 26 Ağustos'ta direnişe çıkan işçiler, Tekstil Sen yöneticilerinin müdahalesiyle ücretlerini aldı, dün iş başı yaptı.Aylardır maaşlarını alamayan taşeron işçiler, "İş bıraktığımızda paramızı alabiliyoruz" dedi, eylemle kazandı.

Marmaray ve Anadoluray'ın buluşma noktası olan Kadıköy İbrahimağa Transfer Merkezinin bulunduğu alanda yapılan kamulaştırmada hak sahibi olan şahışların 58–59 pafta, 1421 ada, 2, 3 ve 4 no.lu parsellerdeki taşınmazları için plan tadilatı yapılarak yapılaşma emsallerinin yükseltilmesi ve haksız rant yaratılması girişimi yargıya taşınmıştı. Yargı verdiği kararla Kadıköy İbrahimağa Transfer Merkezi ile ilgili 1/1000 ve 1/5000 ölçekli imar planlarını iptal etti.